Os achados científicos originais da equipe de pesquisadores do Brasil responsáveis pelo sequenciamento genético da bactéria Xylella fastidiosa tanto quanto o significado cultural e político, para o país, do sucesso desse projeto mundialmente pioneiro de genoma de um microrganismo causador de doença em plantas um fitopatógeno ganharam uma nova e maior visibilidade internacional com a edição da Nature que começou a circular em 13 de julho último. O artigo científico de sete páginas sobre a Xylella o paper, como se diz no jargão dos pesquisadores com contribuições novas para a pesquisa genômica, elaborado e assinado por 116 dos 192 cientistas que concluíram em janeiro passado a decodificação genética da bactéria, forneceu nada menos que a capa da edição número 6.792, volume 406 da revista, uma das mais prestigiosas e respeitadas publicações científicas do mundo. Em 131 anos de existência da Nature, jamais um artigo produzido por um grupo de pesquisa brasileiro chegara à capa da revista.
A decifração do genoma da bactéria causadora da Clorose Variegada de Citros (CVC) ou praga do amarelinho, pelos pesquisadores ligados à Organização para Sequenciamento e Análise de Nucleotídeos-Onsa (a rede virtual de laboratórios criada pela FAPESP em 1997 e que tem uma onça em sua logomarca), foi festejada em editorial da publicação inglesa. Para finalizar, o editorial afirma que o sucesso do projeto da X. fastidiosa somado ao fato incomum de uma agência do mundo avançado e industrializado o Departamento de Agricultura dos Estados Unidos – ter contratado a pesquisa genômica de uma variante da Xylella de um país em desenvolvimento endossam a determinação do Brasil de entrar na idade pós-genômica de mãos dadas com os cientistas dos países mais ricos.
José Fernando Perez diretor científico da Fapesp desde dezembro de 1993, explica como surgiu a ideia do projeto Genoma: “Eu vinha, desde janeiro de 1997, de forma meio repetitiva e quase obsessiva, levantando esta questão. Inicialmente de maneira vaga, na base da intuição, de que deveria ser possível fazer alguma coisa de impactante para darmos um salto nesta área de genética molecular. Tinha ficado muito motivado porque visitei alguns centros nos EUA, a propósito do nosso programa CEPID, e um deles me impressionou particularmente. Foi um centro em Seattle chamado Molecular Biotechnology, da Universidade de Washington, que conta com muitos recursos da Microsoft. Lá eu tive uma entrevista muito interessante com esse pesquisador famoso, o Leroy Hood, inventor do sequenciador automático de DNA”. O prof. Perez comenta como nasceu a proposta da rede Onsa; “Na realidade, o [professor da USP] Fernando Reinach veio com a ideia, que eu acho brilhante até hoje, de fazer um projeto genoma … Desde que voltei dos EUA comecei a fazer questões muito frequentes a um grupo de pesquisadores, especialmente ao professor Fernando Reinach, com quem eu dialogava bastante. Queria saber o que é que podia ser feito que não fosse convencional, como mandar gente para fora ou mesmo criar um centro”
O então presidente do CNPq José Galízia Tundisi declara: “Em 1997 fui a Araraquara para assinar o Convênio. Não havíamos pensado em sequenciar o genoma. A pesquisa destinava-se a controlar o vetor, que é a cigarrinha que passava a Xylela fastidiosa. Estávamos tentando outra via.”. O projeto contou com a assessoria do professor André Goffeau, porque ele havia trabalhado no genoma da levedura, que também teve esse formato de rede. Outro assessor internacional a integrar o projeto foi Steve Oliver que tinha sido o coordenador do genoma da levedura na Inglaterra e ainda é o coordenador do genoma funcional da levedura. Perez comenta: “Quando o Oliver foi embora, marcamos uma reunião do grupo em que agregamos o Andrew Simpson. O encontro com ele é fruto deste tipo de atitude que eu tenho: as ideias aparecem e eu as compartilho com todo mundo. Tinha ido almoçar com o Ricardo Brentani, do Instituto Ludwig e falei da ideia do projeto. Ele arregalou os olhos e disse: eu acho a ideia brilhante, vou te mandar duas pessoas interessantes. Uma foi o Simpson, que começou a participar das reuniões e ficou entusiasmadíssimo e a outra é o Joaquim Machado” .
As propostas iniciais incluíam como opções de sequenciamento do o Thiobacillus ferrooxidans, muito importante em biomineração, porque metaboliza metal e a Xylella fastidiosa. Perez relata: “O problema era que ninguém sabia fazer a cultura in vitro da Xylella com eficiência. Ela é fastidiosa exatamente porque cresce muito lentamente, também dentro da própria planta. Depois de inoculada, ela demora muito tempo para gerar sintomas e in vitro tampouco alguém tinha um protocolo para fazer o crescimento de forma eficiente. Então ela estava praticamente excluída de consideração”. No entanto, grupo de Bordeux (França), liderado pelo professor Josef Bové, que tinha trabalhado com a bactéria, provou uma relação causal entre a bactéria e a doença, e publicou o trabalho. Pereza relata o convite ao prof. Bové: “Ele sabia como fazer crescer a cultura da bactéria e, mais do que isso, propunha que alguém fosse para Bordeaux para aprender. Fazer cultura de bactéria é como receita culinária, você precisa ir lá e fazer. E ele se ofereceu para isso. Essa era uma oportunidade extraordinária. Convenceu a gente de que seria importante cientificamente porque seria o primeiro genoma de um patógeno vegetal. Isso foi um argumento forte. O fato é que a Nature noticiou (em 16/10/1997): o Brasil vai sequenciar o primeiro fitopatógeno.”
A X. fastidiosa adere, graças à goma que produz, à parede dos vasos que transportam a seiva, termina por entupi-los e causa sérios danos à planta. A sequência do genoma da X. fastidiosa é o 24º genoma completo de bactéria agora conhecido para a ciência e o primeiro de um fitopatógeno. A Xylella possui quase 2,7 milhões de pares nitrogenados ou nucleotídeos em seu cromossomo, o que mostra que ela é um terço maior do que os pesquisadores imaginavam quando iniciaram seu sequenciamento no começo de 1998. Dentro desses pares de base estão 2.904 genes, regiões codificadoras de proteínas, dos quais um terço é novo para a ciência e 47% têm as funções precisamente descritas.
Mais um achado científico importante: a X. fastidiosa apresenta dois diferentes sistemas de adesão celular. O primeiro deles compreende uma matriz de polissacarídeos extracelulares sintetizados e liberados pelos chamados genes de goma, que grudam a bactéria na parede celular do xilema e em outras bactérias, e terminam por entupir os vasos, bloquear a seiva e levar a planta ao estresse de água.
O outro sistema de adesão, especificado por 26 genes que codificam as chamadas proteínas fimbriais, serve provavelmente para grudar a bactéria no aparelho digestivo da cigarrinha.
O que os pesquisadores organizados na Onsa fizeram está bem descrito nas conclusões finais do paper da Nature. Eles determinaram não só o metabolismo básico e as características de replicação da bactéria, mas também numerosos mecanismos potenciais de patogenicidade, que devem conduzir a novos achados nas abordagens para o controle da CVC, a famosa praga do amarelinho. Em 2000 o mesmo grupo de pesquisadores conclui o sequenciamento genético de uma variante da Xylella fastidiosa, que causa a doença de Pierce nas vinhas da Califórnia, nos Estados Unidos.
A cigarrinha é o inseto transmissor da praga do amarelinho, cujos sintomas nas laranjeiras incluem manchas evidentes nas folhas mais velhas, com áreas cloróticas, desbotadas, em sua face superior e lesões de cor marrom clara, com um material tipo goma na face inferior. O resultado econômico desse processo, no Brasil, produtor de quase metade do suco de laranja concentrado posto no mercado internacional, são prejuízos estimados em US$ 100 milhões anuais.
O setor citrícola nacional, mesmo fazendo parte de um setor primário onde teoricamente a pesquisa de ponta não seria primordial, é uma das áreas mais atuantes em pesquisas e tecnologia. Maior produtor de citros e suco de laranja do mundo, exportando quase a totalidade do suco de laranja que produz para os exigentes mercados da Europa, Estados Unidos e Japão, entre outros, o setor investe na geração de tecnologia. São Paulo é o maior produtor mundial de citros e também maior exportador de suco de laranja, sexto item da pauta de exportação nacional, com economia gerada pelo setor de R$ 7 bilhões/ano. Para assegurar a continuidade desse crescimento econômico foi preciso criar um novo modelo onde todo o setor fosse beneficiado, já que o problema é comum. Surgiu daí um formato próprio de produção e estímulo à pesquisa científica. O Fundecitrus – Fundo de Defesa da Citricultura – atua como um interlocutor, fazendo a interface entre o setor produtivo, as agências de financiamento e as instituições e universidades.
Um exemplo bastante conhecido dessa nossa maneira própria ou política de produção de ciência e tecnologia é o estudo do genoma da Xylella fastidiosa, bactéria causadora da CVC ou amarelinho em nossos pomares, que provocou só neste ano um prejuízo ao setor de R$ 650 milhões. Os sintomas do amarelinho provocam o entupimento dos vasos do xylema e, conseqüentemente, a morte econômica das laranjeiras, devido à redução drástica no tamanho do fruto. Em 1997, quando a Fapesp – Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo decidiu investir na área da genômica, havia vários microorganismos candidatos, se é que podemos chamá-los assim, para participarem da escolha. Coube ao Fundecitrus o papel de ajudar a provar a importância da opção pelo seqüenciamento do genoma da Xylella.
Um dos requisitos para aprovação era que o problema tivesse importância sócio econômica. Esse foi fácil provar já que é inquestionável a importância do setor, e a incidência da doença na ocasião era de 34%, número bastante expressivo. Outro ponto, foi mostrar que era possível sequenciar a bactéria já que seu genoma tinha o tamanho adequado. Aí surgiram alguns questionamentos. Essas dúvidas foram causadas pela própria falta de informação que havia sobre a bactéria. Para saná-las, nossa instituição convidou dois dos maiores estudiosos da Xylella no mundo, os pesquisadores Joseph M. Bovê e Monique Garnier , do Institut National de La Recherche Agronomique (INRA) da França, para uma estada no Brasil. A palavra desses especialistas foi crucial para a escolha da bactéria para estudo. Além disso, a Fapesp convidou o Fundecitrus para ser seu parceiro no projeto.
Muitos empreendedores brasileiros estão conseguindo colocar em prática suas ideias graças ao capital de risco. Pelo menos uma dezena de empresas devem sua existência a esse tipo de investimento. São pequenos empreendimentos, que, em grande número de casos, surgiram de pesquisas em laboratórios de Universidades. É o caso, por exemplo, de cinco biólogos moleculares e bioinformatas, da USP, Unesp e Unicamp, que resolveram transformar em produtos o conhecimento que tinham sobre seqüenciamento de genoma. São eles Fernando Reinach (CEO), Ana Claudia Rasera da Silva, Jesus Ferro, João Paulo Kitajima e Paulo Arruda.
Para isso, fundaram, em março de 2002, a Alellyx Applied Genomics, com investimento de US$ 11 milhões da Votorantim Venture. O nome da empresa – xyllela ao contrário – lembra o sequenciamento do genoma da bactéria xyllela fastidiosa, causadora do doença do amarelinho, que atinge os laranjais paulistas. Os cinco participaram desse trabalho e agora querem usar a experiência adquirida para aumentar a produtividade, a competitividade e a qualidade de produtos agroindustrias-brasileiros, como soja, laranja, uva, eucalipto e cana-de-açúcar. Segundo o diretor científico da Alellyx, Paulo Arruda, a empresa tem 32 funcionários, dos quais 25 são cientistas. A meta para 2003 é aumentar esse número para 50. ‘Nunca houve uma situação tão favorável para esse tipo de empresa como agora’, comemora Arruda. ‘O investimento privado no Brasil sempre foi acanhado e imediatista. O capital de risco permite a projeção e o planejamento de longo prazo.’
Em novembro de 2008, o ministro da Ciência e Tecnologia, Sergio Rezende, se disse “surpreso e decepcionado” com a venda das empresas brasileiras de biotecnologia Alellyx e Canavialis para a americana Monsanto. A aquisição foi anunciada anteontem pela Monsanto e pela Votorantim Novos Negócios (VNN), fundo de capital de risco do Grupo Votorantim que criou e financiava as duas empresas desde 2002. “Não sei quanto a Votorantim colocou nessas empresas ao longo desses anos, mas o setor público colocou muito dinheiro”, disse Rezende ao jornal O Estado de S. Paulo. “A venda para qualquer grupo estrangeiro é decepcionante. Como é que eles foram vender duas jóias como essas, tão importantes para o País?” Segundo Rezende, a Financiadora de Estudos e Projetos (Finep), do Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT), aprovou R$ 49,4 milhões em subvenção econômica (investimento a fundo perdido) para pesquisas nas empresas nos últimos três anos – dos quais R$ 6,4 milhões já foram desembolsados. “São duas empresas que receberam investimentos do governo e, justo quando esse investimento estava amadurecendo, foram vendidas por um preço bastante módico”, disse. A venda para a Monsanto foi fechada por US$ 290 milhões (R$ 616 milhões).
Uma outra companhia, a Scylla, vai atuar na área de bioinformática e foi criada por um grupo de pesquisadores da Unicamp que trabalharam no sequenciamento do DNA da bactéria Xylella fastidiosa, bancado pela Fapesp. A Scylla é a primeira firma de bioinformática do Brasil e a segunda empresa a ser financiada pela Votorantim Ventures, uma empresa de capital de risco do Grupo Votorantim que pretende investir R$ 300 milhões em negócios de alta tecnologia. A primeira, a Alellyx, criada há pouco mais de um mês, atua na área de genômica aplicada à agricultura e também foi fundada por ex-integrantes dos projetos Genoma da Fapesp. ” Durante o primeiro ano [do sequenciamento da Xylella eu percebi que o ritmo de trabalho era muito intenso, não combinava com os prazos da universidade”, comenta o cientista da computação João Meidanis, pioneiro da bioinformática no Brasil e co-fundador da Scylla. Daí surgiu a idéia de montar uma empresa, afirmou. Segundo Meidanis, o projeto existe há pelo menos três anos, mas só agora a firma conseguiu financiamento -cujo valor seus sócios não revelam. A Scylla terá como produtos principais softwares para uso em montagem de sequências de DNA e análise de proteínas, especialidades de seus sócios (Meidanis e quatro alunos). A ideia, diz Meidanis, é partir do zero, já que o uso de programas que eles já desenvolveram para a universidade envolveria questões complicadas -e demoradas- de propriedade intelectual. Com a experiência que a gente tem, dá para repor a maior parte desses programas em quatro meses, afirmou. Os clientes, a princípio, são instituições públicas e privadas dentro e fora do país que estejam desenvolvendo pesquisa em genômica. Queremos vender [softwares para países da América do Sul e Ásia que estejam querendo repetir a experiência brasileira, disse Meidanis.
A Scylla Bioinformática é uma empresa brasileira criada para produzir software inovador e de alta qualidade para investigação de dados genômicos. A história da Scylla remonta ao início dos anos 90, quando João Meidanis concluiu seu doutorado em Bioinformática na Universidade de Wisconsin-Madison e voltou ao Brasil. Meidanis criou e manteve em atividade o Grupo de Pesquisas em Biologia Molecular Computacional, parte do Instituto de Computação da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), que atraiu jovens pesquisadores como Zanoni Dias, Marília Braga e Guilherme Telles, co-fundadores da Scylla Bioinformática. A fusão entre teoria e prática aconteceu em 1998, quando a FAPESP decidiu apoiar o sequenciamento do genoma completo da bactéria Xylella fastidiosa. O Grupo de Pesquisas em Biologia Molecular Computacional tornou-se então o Laboratório de Bioinformática, que cuidou do projeto. Alexandre Barbosa, também co-fundador da Scylla, juntou-se ao Laboratório de Bioinformática em 1999. Meidanis, Dias, Braga, Telles e Barbosa tomaram parte na bioinformática dos projetos Xylella fastidiosa, EST de Cana-de-açúcar (SUCEST), Human Cancer Annotation Project e outros. Meidanis liderou o Laboratório de Bioinformática até 2001, quando ele e seus colegas começaram a considerar a criação de uma empresa privada, buscando o equilíbrio perfeito entre motivação, qualidade de serviços e de software, pesquisa e realização pessoal. A Scylla Bioinformática, fundada em maio de 2002, foi o resultado natural deste processo. Ela é presidida por João Meidanis e está estabelecida em Campinas, São Paulo. Sua sede está localizada na incubadora de empresas do Agente Softex, próxima à UNICAMP, uma das mais importantes universidades e pólos de pesquisa do Brasil.
Para a Votorantim, trata-se de um investimento de risco, com retorno financeiro de longo prazo, “Sabemos que a demanda ainda é desconhecida, mas a Scylla tem a vantagem de ser única fabricante desse tipo de software”, diz Fernando Reinach, diretor-executivo da Votorantim ventures. Segundo o executivo, as conquistas brasileiras no sequenciamento da xylella, bactéria que provoca doenças em plantas, tornou o país conhecido na comunidade científica mundial, o que deve facilitar o marketing da empresa. A paceria firmada com a gigante de Informática Hewlett-Packard também deve facilitar as vendas. Além de fornecer toda a parte de hardware para a Scylla, o acordo com a HP inclui a colaboração para a criação de computadores mais potentes. Na época do sequenciamento do genoma humano, os equipamentos da Compaq, patrocinadora oficial do projeto, levavam entre 12 a 18 horas para fazer os cálculos necessários, conta Reinach. Criado em julho de 2000, o Votorantim Ventures, além da Scylla e da Alellix, possui mais cinco empreendimentos.
Em novembro de 1999, a ciência brasileira fez história com o sequenciamento completo do DNA da bactéria Xylella fastidiosa – agente patogênico que causava prejuízos milionários à cultura de cítricos. Utilizando softwares de sequenciamento genético com base na internet, o projeto, financiado pelo Programa Genoma-FAPESP, correspondeu também à introdução da bioinformática no Brasil. O pioneirismo dos responsáveis pelo desenvolvimento dessas ferramentas tecnológicas – João Meidanis e João Setúbal, que na época coordenavam o Laboratório de Bioinformática (LBI) do Instituto de Computação da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp) – rendeu aos dois, uma década depois, o prêmio Distinguished Innovators, concedido pela Business Software Alliance (BSA), principal associação da indústria de software mundial. O prêmio, cujo objetivo é reconhecer a contribuição de indivíduos e organizações para a implementação de tecnologias da informação que tragam benefícios econômicos e sociais a seus países, foi entregue no fim de março em São Paulo, durante o Fórum de Tecnologia, Inovação e Progresso.
Quando voltaram ao Brasil em 1992, Meidanis e Setúbal – que retornava também naquele ano de seu doutorado na Universidade de Washington – procuraram disseminar a bioinformática. A dupla lançou, em 1994, o livro Introdução à Biologia Computacional, que, de acordo com Meidanis, foi o terceiro livro sobre bioinformática lançado em todo o mundo. “Publicamos o livro na tentativa de angariar alunos e divulgar o tema, mas era muito difícil avançar, pois se tratava de uma área nova demais e os estudantes ainda achavam aquilo tudo muito abstrato. Com o projeto Genoma Xylella vimos a primeira oportunidade para que a bioinformática mostrasse definitivamente o seu potencial. Assim que os biólogos ficaram sabendo que precisariam da informática, lembraram de nós”, afirmou. Com as ferramentas implantadas pelos dois, os biólogos puderam implementar critérios de qualidade on-line para as sequências de DNA que eram produzidas.
A experiência adquirida durante o sequenciamento da Xylella fastidiosa, de acordo com Meidanis, foi aproveitada posteriormente de múltiplas formas. Fonte:
http://www.fapesp.br/capa551.htm
http://www.uol.com.br/cienciahoje/chdia/n134.htm
acesso em dezembro de 2001
http://www.comciencia.br/reportagens/cientec/cientec145.htm
acesso em agosto de 2002
http://epoca.globo.com/edic/20000717/ciencia3a.htm
acesso em janeiro de 2003
http://www.mct.gov.br/sobre/namidia/CTnamidia/2002/03_05b.htm
http://www.scylla.com.br/
http://www.dcc.unicamp.br/~meidanis/
http://www.alellyx.com.br/a_quemsomos.htm
http://www.comciencia.br/entrevistas/perez/perez1.htm
acesso em março de 2003
http://www.iq.usp.br/wwwdocentes/acrasera/
http://premioclaudia.abril.com.br/2000/anaclaudia3s.html
acesso em julho de 2005
https://www.inpi.gov.br/menu-superior/imprensa/clipping/novembro-2008/05-11-2008#2
acesso em novembro de 2008
http://www.agencia.fapesp.br:80/materia/10344/especiais/uma-decada-de-bioinformatica.htm
acesso em abril de 2009
jornal Valor Econômico de 21.05.2002 página B-5 (Empresas)
Cronologia do Desenvolvimento Científico e Tecnológico Brasileiro, 1950-200, MDIC, Brasília, 2002, páginas 352, 354
Livro: 50 anos do CNPq contados pelos seus presidentes, de Shozo Motoyama, Ed. FAPESP, 2002, páginas 520
